分子生物学及生物技术中的计算:实验室数学指导(第二版)

-----Molecular Biology and Biotechnology: A Guide to Mathematics in the Laboratory (Second Edition)

 

作者:    Frank H. Stephenson Ph.D

出版:    Academic press

索书号:   Q7-39/S836(2)/2010/Y

藏书地点: 武大外教中心

 

  

《分子生物学及生物技术中的计算:实验室数学指导(第二版)》是生物学实验室必备的工具书籍,本书介绍了分子生物学、生物技术实验过程中所遇到的计算问题,对基础研究实验过程中遇到的各种各样的计算问题给予了广泛的指导;并以一种贯穿实验始终的计算实例的形式介绍各种计算方法。

《分子生物学及生物技术中的计算:实验室数学指导(第二版)》简明扼要的阐述了在分子生物学及生物技术研究中怎样完成最常规的计算,其最大的特点是采用对话的方式让读者很容易的掌握该书所表述的内容。全书每个章节,在阐述了基本内容后都提出了实践中的一些问题,然后用所列出的方法公式给出了清楚明了的解答。《分子生物学及生物技术中的计算:实验室数学指导(第二版)》用较少的篇幅涵盖了分子生物学及生物技术的各个方面,使用者为了解决一个问题,不用像使用一般教材书那样逐页翻找所需的理论和公式,而是根据目录和问题对症下药。另一个特点是数据、图标、公式齐全,图文并茂。

《分子生物学及生物技术中的计算:实验室数学指导(第二版)》的副标题是“实验室数学指导”。所以除了涉及一般的公式外,还介绍了一些数理统计知识,如数学期望、方差、分布、检验和线性回归等。在介绍了这些知识的同时说明了公式的用法,解释其中各个变量的含义及其生物学意义。这样就免去了非数学工作者对数学的恐惧,使他们感到数学知识很有用。增加对数学的兴趣。这也是本书处理数学知识的成功之处。

全书由十三章和附录索引组成。第一章总结了标准实验室训练的基本内容:有效数字的指数表示形式和运算。第二章介绍了溶液浓度的定义,溶液的稀释,摩尔和分子量的定义,百分比浓度与摩尔浓度的转换,pH值等相关计算。第三章的内容包括细菌生长曲线和细菌培养浓度。讲解了数据获取方法,以及利用这些数据绘制OD550随时间变化的对数曲线和细胞浓度的对数值随时间变化的曲线,以及生长常数和繁殖世代的时间。第四章主要内容为噬菌体多重感染、噬菌体效价和裂解量的测定。第五章研究核酸的定量测定。根据核酸在260nm处吸收紫外光,蛋白质在280nm具有紫外光最大吸收值,来计算核酸和蛋白质的含量。用核酸260nm/280nm来判断DNA样本纯度。第六章用放射性同位素标记核酸。DNA测序,基因表达的定量测定,通过探针杂交检测基因或者重组克隆,调控细胞复制,测定DNA合成率。第七章寡聚核苷酸的合成。介绍了合成产量、阶段产量和总产量。第八章介绍聚合酶链式反应(PCR)。套路了模板和扩增、聚合酶链式反应的效率、靶序列的Tm值、引物Tm值计算、DNA聚合酶的误差率和定量PCR等。第九章介绍实时定量PCRreal time-PCR)。本章讨论了实时定量PCR的阶段、控制、绝对定量的检测、扩增效率、相对定量方法。第十章主要内容为DNA重组。第十一章蛋白质,主要介绍了测定蛋白质含量和蛋白质比活性的计算。第十二章离心,主要介绍了离心法使用遇到的计算问题。第十三章介绍了法医学和亲子关系。主要介绍了等位基因与基因型、Hardy-Weinberg方程与期望基因型频率的计算、卡方检验、观察值和期望值比较、父权指数等。附录则介绍了利用excel表格来计算作图的方法。

对从事分子生物学和生物技术实验或者使用相关仪器的研究人员、技术人员、教师和学生而言,这是一本针对性极强的实用性参考书。

 

本书目录:

第一章:科学计数法与公制前缀

1.1    有效数字

1.2    指数和科学计算法

1.3    公制前缀

第二章:溶液、混合液和培养基

2.1 稀释计算一般方法

2.2 X因子浓缩

2.3 配制百分比浓度溶液

2.4 稀释百分比浓度溶液

2.5 摩尔和分子量的定义

2.6 当量浓度

2.7 pH

2.8 pKaHenderson-Hasselbalch方程

第三章 细胞生长

3.1 细菌生长曲线

3.2 控制细胞浓度

3.3 在线性图中绘制OD550随时间变化的曲线

3.4 在线性图中绘制OD550对数随时间变化的曲线

3.5 绘制细胞浓度的对数随时间变化的曲线

3.6 计算世代时间

3.7 在半对数坐标系中绘制细胞生长数据曲线

3.8 在半对数坐标系中绘制细胞浓度随时间变化的曲线

3.9 根据细胞浓度随时间变化的半对数曲线直接估算世代时间

3.10 在半对数坐标系中绘制细胞密度与OD550的曲线

3.11 波动试验

3.12 突变率的计算

3.13 雪球计数法测定细胞浓度

第四章:噬菌体

4.1 感染的多重性

4.2 概率和感染多重性

4.3 噬菌体效价的测定

4.4 噬菌体的稀释

4.5 裂解量的测定

第五章 核酸定量测定

5.1 紫外分光光度法测定核酸含量

5.2 测定双链DNA的浓度

5.3 测定单链DNA分子的浓度

5.4 寡聚核苷酸定量

5.5 RNA浓度的测定

5.6 分子量、摩尔浓度和核酸片段的长度

5.7 用琼脂糖凝胶电泳法(EB染色)测定DNA浓度

第六章:用放射性同位素标记核酸

6.1 放射性单位:居里(Ci

6.2 估算质粒的拷贝数

6.3 用缺口平移法标记DNA

6.4 随机引物标记DNA

6.5 用末端转移酶标记3

6.6 互补DNAcDNA)合成

6.7 同聚物加尾

6.8 体外转录

第七章:寡核苷酸合成

7.1 合成产量

7.2 DMT Cation Assay 计算阶段产量和总产量

7.3 每一步反应中碱基所增加的核苷的摩尔质量

第八章 聚合酶链式反应(PCR

8.1 模板与扩增

8.2 指数扩增

8.3 PCR效率

8.4 计算靶序列的Tm

8.5 引物值

8.6 引物Tm

8.7 脱氧核苷酸三磷酸(dNTPs

8.8 DNA聚合酶

8.9 定量PCR

第九章:实时定量PCR

9.1 实时PCR的阶段

9.2 控制

9.3 用探针法检验绝对定量

9.4 扩增效率

9.5 计算基因表达

9.6 相对量化—ΔΔCt方法

9.7 相对标准曲线方法

9.8 通过反应动力学相对定量

9.9 相对定量的Ro方法

9.10 Pfaffl模型

第十章:DNA重组

10.1 限制性核酸内切酶

10.2 计算酶切片段末端量

10.3 连接

10.4 基因组文库——你需要多少克隆?

10.5 cDNA克隆——多少克隆足以构成文库?

10.6 表达文库

10.7 DNA探针杂交筛选重组文库

10.8 利用凝胶电泳确定DNA片段大小

10.9 利用BAL31核酸酶嵌套切除

第十一章:蛋白质

11.1 由蛋白质薛烈计算蛋白质分子量

11.2 280nm吸收值测定蛋白质含量

11.3 利用吸收系数和消光系数估算蛋白质浓度

11.4 mg/ml浓度与摩尔浓度之间的联系

11.5 280nm吸收值测定有DNA污染的蛋白质浓度

11.6 205nm吸收值测定蛋白质浓度

11.7 205nm吸收值测定有DNA污染的蛋白质浓度

11.8 用比色法测定蛋白质浓度——Bradford分析

11.9 β-半乳糖苷酶应用于启动子活性和基因表达

11.10 薄层色谱法(TLC)和保留因子(Rt

11.11 凝胶过滤法估算蛋白质分子量

11.12 氯霉素乙酰转移酶(CAT)检测

11.13 在报告分析中使用荧光素酶

11.14 体外翻译——测定氨基酸整合率

11.15 蛋白质等电点

第十二章:离心法

12.1 相对离心力

12.2 计算沉降时间

第十三章:法医学和亲子关系

13.1 等位基因和基因型

13.2 Hardy-Weinberg方程与期望基因型频率的计算

13.3 卡方检验:观测值与期望值的比较

13.4 Pi:包含力

13.5 Pd:分辨力

13.6 DNA分型和加权平均

13.7 乘法法则

13.8 父权指数

附录

索引

 

 

 

(武汉大学生命科学学院 研究生 刘靖)